| Sequence ID | hg18.chr11 | 
|---|---|
| Location | 93,106,254 – 93,106,416 | 
| Length | 162 | 
| Max. P | 0.989898 | 

| Location | 93,106,254 – 93,106,362 | 
|---|---|
| Length | 108 | 
| Sequences | 6 | 
| Columns | 116 | 
| Reading direction | reverse | 
| Mean pairwise identity | 75.39 | 
| Mean single sequence MFE | -25.73 | 
| Consensus MFE | -17.57 | 
| Energy contribution | -16.77 | 
| Covariance contribution | -0.80 | 
| Combinations/Pair | 1.33 | 
| Mean z-score | -2.41 | 
| Structure conservation index | 0.68 | 
| SVM decision value | 2.19 | 
| SVM RNA-class probability | 0.989898 | 
| Prediction | RNA | 
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93106254 108 - 134452384 AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAAUUACAAGACA--GUUGC-----UAAAAGUUUGAAAAAGACGGUUG ....(((......(((((((.(((((((...((((.((((((((.((-(....))).)))))))))))))))))))....)--)))))-----)....((((.....))))))).. ( -29.10) >rheMac2.chr14 92295789 97 - 133002572 AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GUUGC-----UAAAAGUUUUAA----------- .............(((((((.(((((((...((((.(((((((..((-(....)))..))))))))))))))))))....)--)))))-----)...........----------- ( -28.20) >mm8.chr9 108936337 90 + 124000669 AAACGCCUCAUACAGUAACU-UGUGGUUUUACUUGACUCACAGGACUGACUGUUAGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GCUAA-----CAAAG------------------ ............((((..((-(((((((......))).))))))))))..((((((((((((((.......)))).)))).--.))))-----))...------------------ ( -25.20) >oryCun1.scaffold_215179 61181 96 - 62759 AAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACUUAUUCUUGGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GUUCAUUAAUCAAAG------------------ ............((((...(((((((((((......(((((((.(((((....))))))))))))..)))))))).)))..--))))...........------------------ ( -26.60) >bosTau2.chr29 549575 95 - 45822729 AAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACUACCUGUUAGAUCUGUGGGAAAAAACUACAAGACAAAGCUGC-CAAUUAAA------------------- ....(((((...)))...((.((((((((.-.(((.((((((((.(((.....))).))))))))))))))))))))).....))...-........------------------- ( -19.60) >canFam2.chr21 44005684 94 + 54024781 AAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACUAUAUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACAAGACA--UCUAU-CUGCUAAAA------------------ ....((...(((((((.....(((((((..-((((.((((((((.(((.....))).)))))))))))))))))))..)).--)))))-..)).....------------------ ( -25.70) >consensus AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU_AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA__GCUGC_____UAAAA__________________ .....................(((((((...((((.((((((((.((.......)).)))))))))))))))))))........................................ (-17.57 = -16.77 + -0.80)



| Location | 93,106,287 – 93,106,402 | 
|---|---|
| Length | 115 | 
| Sequences | 6 | 
| Columns | 119 | 
| Reading direction | reverse | 
| Mean pairwise identity | 82.78 | 
| Mean single sequence MFE | -37.33 | 
| Consensus MFE | -25.38 | 
| Energy contribution | -24.50 | 
| Covariance contribution | -0.88 | 
| Combinations/Pair | 1.33 | 
| Mean z-score | -2.94 | 
| Structure conservation index | 0.68 | 
| SVM decision value | 0.81 | 
| SVM RNA-class probability | 0.857395 | 
| Prediction | RNA | 
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93106287 115 - 134452384 UAUCCCGAUGGGGCUUUUCCUGUAGCCUGCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU----AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAAUUACA ..(((((((((((((........)))))...)))))..))).......(((((((...)))))))((..(.((((.((((((((.((----(....))).)))))))))))).)..)). ( -36.30) >oryCun1.scaffold_215179 61201 115 - 62759 UAUCCCGAUGGGGCUUUCCCUAUAGCC-AUUCAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACU---UAUUCUUGGGUCUGUGGGAAGGAACUACA ..((((((((.((((........))))-...)))))..))).......(((((((...)))))))((....((((.(((((((.(((---((....))))))))))))))))....)). ( -37.60) >bosTau2.chr29 549595 114 - 45822729 UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUAUAAAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACU---ACCUGUUAGAUCUGUGGGAAAAAACUACA .....((((((((.(((......))))-)).)))))..((((((....(((((.....)))))..)))))-)....((((((((.((---(.....))).))))))))........... ( -30.50) >canFam2.chr21 44005703 114 + 54024781 UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACU---AUAUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACA ..((...(((((((.(((((((((...-.)))).....))))).))))))).)).......(((((((..-((((.((((((((.((---(.....))).))))))))))))))))))) ( -33.40) >dasNov1.scaffold_2894 19621 112 - 85457 UAUCCCGAUGGGG---UCUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGGAAUGUUGUGGUUCAGCUUUACUCACAGAACU---AUUUAUUAGAUCUGUGAGAAGGAACUACA ..(((((((((((---(((....))))-)).)))))..)))(((.((((...))))...)))(((((((..(((..((((((((.((---(.....))).)))))))))))))))))). ( -45.40) >echTel1.scaffold_316886 83259 117 + 105239 UAUCCCGAUGGGGCCUUGUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGUAACUCUGUGGUUUG-CUUUACUCGCAGAACUGCUAUUGGUUGGAUCUGUGAGGAAGAACUACA ..(((((((((((.((.......)).)-)).)))))..)))....(((((((((.(((((..(..(((((-(.......)))).))..)....)))))..))))))))).......... ( -40.80) >consensus UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC_CCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUC_CUUUACUCACAGAACU___AUUUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACA .....(.(((((((..........(((........)))(....)))))))).)........(((((((...((((.((((((((.((..........)).))))))))))))))))))) (-25.38 = -24.50 + -0.88)



| Location | 93,106,303 – 93,106,416 | 
|---|---|
| Length | 113 | 
| Sequences | 6 | 
| Columns | 116 | 
| Reading direction | reverse | 
| Mean pairwise identity | 80.45 | 
| Mean single sequence MFE | -33.17 | 
| Consensus MFE | -17.77 | 
| Energy contribution | -17.25 | 
| Covariance contribution | -0.52 | 
| Combinations/Pair | 1.27 | 
| Mean z-score | -2.33 | 
| Structure conservation index | 0.54 | 
| SVM decision value | 0.48 | 
| SVM RNA-class probability | 0.753410 | 
| Prediction | RNA | 
Download alignment: ClustalW | MAF
>hg18.chr11 93106303 113 - 134452384 UAGUG-G-UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUCCUGUAGCCUGCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGAUCU (((((-(-(((((((.(.(((((((((((((........)))))...)))))..))).).)))))...........(((((((........)).)))))))))-))))........ ( -34.40) >rn4.chr8 116927323 106 + 129041809 --------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUCGUUAGUAGCC-ACACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAUAGUAACU-UGUGGUUUUGCUUGACUCGCAGGACUGUUUGUUAGGUCU --------.((((((.(.((((((((.((((.(....).))))-...)))))..))).).)))))).....((((.-.(..(((((((.......)))))))..)..))))..... ( -37.30) >oryCun1.scaffold_215179 61217 108 - 62759 -------GUUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUCCCUAUAGCC-AUUCAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACUUAUUCUUGGGUCU -------..((((((.(.((((((((.((((........))))-...)))))..))).).))))))..((((((....((......)).))))))...(((((((....))))))) ( -35.50) >bosTau2.chr29 549611 106 - 45822729 --------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUAUAAAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACUACCUGUUAGAUCU --------.((((((.(.(((((((((((.(((......))))-)).)))))..))).).)))))).(((.((((...(((((((.-...........)))))))..))))..))) ( -27.10) >canFam2.chr21 44005719 106 + 54024781 --------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACUAUAUGUUAGAUCU --------.((((((.(.(((((((((((((........)).)-)).)))))..))).).)))))).(((....(((((((((((.-...........)))))))))))....))) ( -28.40) >dasNov1.scaffold_2894 19637 107 - 85457 ---UGG--CUGAGGUCUAUCCCGAUGGGG---UCUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGGAAUGUUGUGGUUCAGCUUUACUCACAGAACUAUUUAUUAGAUCU ---...--.((((((.(.(((((((((((---(((....))))-)).)))))..))).).))))))..(((....((((.....))))....)))..(((.(((.....))).))) ( -36.30) >consensus ________UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC_CCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUGCUUUACUCACAGAACUAUUUGUUAGAUCU .........((((((.(.((((((((.....................)))))..))).).))))))...........((((((........)).))))((.(((.....))).)). (-17.77 = -17.25 + -0.52)



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